DockerでLillyMolを爆速起動！化学式から合成経路を探る旅に出よう！
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* 目次 [#m16c120b]
#contents
** DockerでLillyMolを爆速起動！化学式から合成経路を探る旅...
皆さん、こんにちは！
今日は、今話題のオープンソース逆合成解析ソフトウェア
LillyMol
をDockerを使って手軽に動かしてみましょう！
LillyMolは、Eli Lilly and Companyが開発した強力なツールで...
*** DockerでLillyMol環境構築 [#ye281e0c]
まずは、LillyMolを使うための環境をDockerで構築します。
1. **Dockerのインストール:** まだDockerをインストールして...
2. **LillyMolイメージの取得:** ターミナルを開き、以下の...
docker pull lillymol/lillymol
3. **LillyMolコンテナの起動:** イメージの取得が完了したら...
docker run -p 8080:8080 lillymol/lillymol
このコマンドは、LillyMolをポート8080で起動することを意味...
4. **ブラウザでアクセス:** Webブラウザ
ブラウザでアクセス: Webブラウザを開き、`http://localhost:...
これで、LillyMolの環境構築は完了です！簡単でしたね。
** LillyMolを使って逆合成解析を行う [#fe7ef92b]
では、実際にLillyMolを使って逆合成解析を行ってみましょう...
1. LillyMolのウェブインターフェースで、「Retrosynthesis」...
2. 「Enter SMILES or draw structure」欄に、アスピリンのSM...
CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
3. 「Run Retrosynthesis」ボタンをクリックします。
4. LillyMolが計算を行い、可能な逆合成経路を提案してくれま...
結果の解釈：
- 提案された各経路を注意深く見てみましょう。
- 出発物質、反応条件、収率予測などの情報が表示されている...
- 複数の経路が提案された場合、それぞれの利点と欠点を考え...
** 応用：自分の興味ある化合物で試してみよう [#l66255c3]
アスピリンの例を参考に、自分が興味を持っている化合物のSMI...
- カフェイン: `CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C`
- イブプロフェン: `CC(C)CC1=CC=C(C=C1)[C@H](C)C(=O)O`
- パラセタモール: `CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O`
注意点：
- 複雑な化合物の場合、計算に時間がかかることがあります。
- 提案された合成経路は、あくまで理論上の可能性です。実際...
** さらなる探索 [#g5826871]
LillyMolには他にも多くの機能があります。例えば：
1. 構造検索: 類似の化合物を探すことができます。
2. 物性予測: LogP、溶解度、pKaなどの物性を予測できます。
3. 反応予測: 特定の反応条件下での生成物を予測できます。
これらの機能を使いこなすことで、化学研究の幅が大きく広が...
** まとめ [#y4caeaa0]
DockerとLillyMolを組み合わせることで、手軽に強力な逆合成...
化学の世界は奥深く、まだまだ発見の余地がたくさんあります...
次回は、LillyMolの高度な使い方や、他の化学情報学ツールと...
** リンク集 [#vf6d1470]
*** LillyMolのソースコード [#p9c7c4e7]
https://github.com/EliLillyCo/LillyMol
** 一般的な化学構造検索 [#jf3a1dc8]
サンプルとして使ったSMILES化学式
CN1C2=C(C=C(C=C2)C3=CN=CS3)C(=CC1=O)NC4CCC(CC4)OCCOC
結果を評価するためにつかったwiki
https://en.wikipedia.org/wiki/CD38-IN-78c
*** PubChem Sketcher [#y80ad230]
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
SMILESだけでなく、 IUPAC名、分子式など、様々な入力形式に...
NCBIの巨大なデータベースで検索でき、 化合物情報、生物活性...
*** ChemSpider [#e54ad999]
http://www.chemspider.com/
こちらも複数の入力形式に対応し、膨大なデータベースを誇り...
スペクトルデータ、物性情報、関連化合物など、豊富な情報を...
近い分子式や、近い骨格の分子をリストアップしてくれます。
AIが、この分子の特徴を推定してくれます。何度で燃えるとか...
取り扱い企業をリストアップしてくれます。
** NIST Chemistry WebBook [#e5f1719f]
https://webbook.nist.gov/chemistry/
将来的に課金するかもと書いてあったので、シークレットモー...
アメリカ国立標準技術研究所 (NIST) が提供するデータベース...
スペクトルデータ、熱力学データ、反応データなど、信頼性の...
** SMILES変換に特化したツール [#o18e7d38]
*** cactus [#z4eff990]
https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
SMILESを他の形式 (IUPAC名、MOLファイルなど) に変換できま...
バッチ処理にも対応しており、大量のSMILESを一度に変換でき...
*** MolView [#y371917b]
https://molview.org/
SMILESを入力すると、3D分子モデルを表示できます。
分子の回転、拡大縮小、原子情報の表示などが可能です。
日本語の紹介記事がありました。
*** eDESIGNERを使ってみる（準備編） [#y4bdb614]
https://tky-pychemweb.hatenablog.com/entry/2022/09/19/161...
終了行:
* 目次 [#m16c120b]
#contents
** DockerでLillyMolを爆速起動！化学式から合成経路を探る旅...
皆さん、こんにちは！
今日は、今話題のオープンソース逆合成解析ソフトウェア
LillyMol
をDockerを使って手軽に動かしてみましょう！
LillyMolは、Eli Lilly and Companyが開発した強力なツールで...
*** DockerでLillyMol環境構築 [#ye281e0c]
まずは、LillyMolを使うための環境をDockerで構築します。
1. **Dockerのインストール:** まだDockerをインストールして...
2. **LillyMolイメージの取得:** ターミナルを開き、以下の...
docker pull lillymol/lillymol
3. **LillyMolコンテナの起動:** イメージの取得が完了したら...
docker run -p 8080:8080 lillymol/lillymol
このコマンドは、LillyMolをポート8080で起動することを意味...
4. **ブラウザでアクセス:** Webブラウザ
ブラウザでアクセス: Webブラウザを開き、`http://localhost:...
これで、LillyMolの環境構築は完了です！簡単でしたね。
** LillyMolを使って逆合成解析を行う [#fe7ef92b]
では、実際にLillyMolを使って逆合成解析を行ってみましょう...
1. LillyMolのウェブインターフェースで、「Retrosynthesis」...
2. 「Enter SMILES or draw structure」欄に、アスピリンのSM...
CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
3. 「Run Retrosynthesis」ボタンをクリックします。
4. LillyMolが計算を行い、可能な逆合成経路を提案してくれま...
結果の解釈：
- 提案された各経路を注意深く見てみましょう。
- 出発物質、反応条件、収率予測などの情報が表示されている...
- 複数の経路が提案された場合、それぞれの利点と欠点を考え...
** 応用：自分の興味ある化合物で試してみよう [#l66255c3]
アスピリンの例を参考に、自分が興味を持っている化合物のSMI...
- カフェイン: `CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C`
- イブプロフェン: `CC(C)CC1=CC=C(C=C1)[C@H](C)C(=O)O`
- パラセタモール: `CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O`
注意点：
- 複雑な化合物の場合、計算に時間がかかることがあります。
- 提案された合成経路は、あくまで理論上の可能性です。実際...
** さらなる探索 [#g5826871]
LillyMolには他にも多くの機能があります。例えば：
1. 構造検索: 類似の化合物を探すことができます。
2. 物性予測: LogP、溶解度、pKaなどの物性を予測できます。
3. 反応予測: 特定の反応条件下での生成物を予測できます。
これらの機能を使いこなすことで、化学研究の幅が大きく広が...
** まとめ [#y4caeaa0]
DockerとLillyMolを組み合わせることで、手軽に強力な逆合成...
化学の世界は奥深く、まだまだ発見の余地がたくさんあります...
次回は、LillyMolの高度な使い方や、他の化学情報学ツールと...
** リンク集 [#vf6d1470]
*** LillyMolのソースコード [#p9c7c4e7]
https://github.com/EliLillyCo/LillyMol
** 一般的な化学構造検索 [#jf3a1dc8]
サンプルとして使ったSMILES化学式
CN1C2=C(C=C(C=C2)C3=CN=CS3)C(=CC1=O)NC4CCC(CC4)OCCOC
結果を評価するためにつかったwiki
https://en.wikipedia.org/wiki/CD38-IN-78c
*** PubChem Sketcher [#y80ad230]
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
SMILESだけでなく、 IUPAC名、分子式など、様々な入力形式に...
NCBIの巨大なデータベースで検索でき、 化合物情報、生物活性...
*** ChemSpider [#e54ad999]
http://www.chemspider.com/
こちらも複数の入力形式に対応し、膨大なデータベースを誇り...
スペクトルデータ、物性情報、関連化合物など、豊富な情報を...
近い分子式や、近い骨格の分子をリストアップしてくれます。
AIが、この分子の特徴を推定してくれます。何度で燃えるとか...
取り扱い企業をリストアップしてくれます。
** NIST Chemistry WebBook [#e5f1719f]
https://webbook.nist.gov/chemistry/
将来的に課金するかもと書いてあったので、シークレットモー...
アメリカ国立標準技術研究所 (NIST) が提供するデータベース...
スペクトルデータ、熱力学データ、反応データなど、信頼性の...
** SMILES変換に特化したツール [#o18e7d38]
*** cactus [#z4eff990]
https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
SMILESを他の形式 (IUPAC名、MOLファイルなど) に変換できま...
バッチ処理にも対応しており、大量のSMILESを一度に変換でき...
*** MolView [#y371917b]
https://molview.org/
SMILESを入力すると、3D分子モデルを表示できます。
分子の回転、拡大縮小、原子情報の表示などが可能です。
日本語の紹介記事がありました。
*** eDESIGNERを使ってみる（準備編） [#y4bdb614]
https://tky-pychemweb.hatenablog.com/entry/2022/09/19/161...
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