DockerでLillyMol?を爆速起動！化学式から合成経路を探る旅に出よう！ †

皆さん、こんにちは！

今日は、今話題のオープンソース逆合成解析ソフトウェア

LillyMol

をDockerを使って手軽に動かしてみましょう！

LillyMol?は、Eli Lilly and Companyが開発した強力なツールで、複雑な化学構造を入力するだけで、合成可能な経路を提案してくれます。今回は、Dockerを利用することで環境構築の手間を省き、誰でも簡単にLillyMol?の世界を体験できる方法を紹介します。

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DockerでLillyMol?環境構築 †

まずは、LillyMol?を使うための環境をDockerで構築します。

1. **Dockerのインストール:** まだDockerをインストールしていない方は、[https://docs.docker.com/get-docker/](https://docs.docker.com/get-docker/) を参考にインストールを済ませてください。

2. **LillyMol?イメージの取得:** ターミナルを開き、以下のコマンドを実行してLillyMol?のDockerイメージを取得します。

docker pull lillymol/lillymol

3. **LillyMol?コンテナの起動:** イメージの取得が完了したら、以下のコマンドでコンテナを起動します。

docker run -p 8080:8080 lillymol/lillymol

このコマンドは、LillyMol?をポート8080で起動することを意味します。

4. **ブラウザでアクセス:** Webブラウザ

ブラウザでアクセス: Webブラウザを開き、`http://localhost:8080` にアクセスします。LillyMol?のウェブインターフェースが表示されるはずです。

これで、LillyMol?の環境構築は完了です！簡単でしたね。

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LillyMol?を使って逆合成解析を行う †

では、実際にLillyMol?を使って逆合成解析を行ってみましょう。例として、アスピリン（アセチルサリチル酸）の合成経路を探ってみます。

1. LillyMol?のウェブインターフェースで、「Retrosynthesis」タブを選択します。

2. 「Enter SMILES or draw structure」欄に、アスピリンのSMILES表記を入力します：

CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O

3. 「Run Retrosynthesis」ボタンをクリックします。

4. LillyMol?が計算を行い、可能な逆合成経路を提案してくれます。

結果の解釈：

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応用：自分の興味ある化合物で試してみよう †

アスピリンの例を参考に、自分が興味を持っている化合物のSMILES表記を入力して、逆合成解析を行ってみましょう。例えば：

注意点：

## さらなる探索

LillyMol?には他にも多くの機能があります。例えば：

1. 構造検索: 類似の化合物を探すことができます。 2. 物性予測: LogP、溶解度、pKaなどの物性を予測できます。 3. 反応予測: 特定の反応条件下での生成物を予測できます。

これらの機能を使いこなすことで、化学研究の幅が大きく広がるでしょう。

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まとめ †

DockerとLillyMol?を組み合わせることで、手軽に強力な逆合成解析ツールを使うことができました。この環境を活用して、新しい化合物の合成経路を探索したり、既知の合成経路を最適化したりする可能性は無限大です。

化学の世界は奥深く、まだまだ発見の余地がたくさんあります。LillyMol?を使って、あなただけの化学の冒険に出かけてみてはいかがでしょうか？

次回は、LillyMol?の高度な使い方や、他の化学情報学ツールとの連携について紹介する予定です。お楽しみに！

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